Piva_net Конечно можно перескакивать через релизы. Это возможно практически безболезненно внутри одной редакции. В данном случае редакция 2.хх. Информацию о том, с каких релизов можно обновляться написана в файле update.txt, который находится в каталоге базы, на которую собираетесь обновляться.
Ваша проблема именно в "дороботке". Если разработчики в 1С ничего не трогали вокруг ваших изменений, то есть значительная доля вероятности, что обновление пройдет в штатном режиме, иначе - тот результат, который имеете Вы на данный момент.
Вы так и не сказали, насколько большая эта "дороботка". Иногда гораздо проще вынести небольшие изменения во внешний отчет - это позволит избежать осложнений с обновлениями в будующем